PRODUITS

Puces à façon

EXPERT EN CONCEPTION ET DEVELOPPEMENT DE BIOPUCES

Nous réalisons les biopuces depuis le design des sondes jusqu’à l’analyse des données et nous mettons à disposition l’équipement nécessaire pour réaliser les expériences de puces à ADN ainsi que le personnel pour analyser les données.

Nous disposons d’une technologie brevetée de fonctionnalisation des supports permettant l’accroche maximalisée des sondes dans un  environnement « 3D ». Cette technologie optimise le rapport signal / bruit  résultant de l’hybridation des sondes ce qui permet d’augmenter considérablement la sensibilité de la puce DendrisChip.

Design des sondes

Nous pouvons réaliser vos puces à façon après avoir défini ensemble leur contenu, le système biologique, le type de sondes et la quantité de lames à produire.

 Les sondes oligonucléotides, si elles ne sont pas définies par vos soins, peuvent être sélectionnées par notre bio-informaticien, par des méthodes bioinformatiques au sein de bases de données publics pour permettre l’identification des organismes recherchés lors du diagnostic.

 

Spotting

 

Le robot spotteur utilisé pour le dépôt des oligonucléotides sur lames de verre est le «sciFlexarrayer SX» de Scienion.

 

La technique de dépôt par jet d’encre utilisée permet de déposer de très faibles quantités de solutions grâce à des piezos électriques (de l’ordre du pico et nanolitre) pour former un spot sur la surface de la lame avec une précision inférieure à 3 µm. Le robot spotteur peut réaliser 130 lames par run.

Les lames que nous utilisons possèdent une identification unique. En routine, les lames sont spottées avec l’identification vers le bas.

 La qualité du spotting est déterminée par scan durant le spotting, par le robot lui-même.

Le lot de lames est validé lorsque 100% des spots attendus sont présents.

 

 

Analyse des données

 Notre expertise porte non seulement sur la technologie des biopuces mais également sur l’analyse des données. Dendris a développé une méthode d’interprétation des signaux selon les principes du « machine learning ». Ainsi les produits Dendris sont capables de prendre en compte les évolutions des données de référence et s’adapter en permanence au contexte analysé.

 

La lecture des DendrisChips et l’acquisition des données s’effectuent grâce au scanner DendriScan associé au logiciel Mapix (Innopsys). Le DendriScan possède un laser à 635nm qui excite la Cyanine 5. La fluorescence émise à la longueur d’onde d’émission du fluorochrome excité est captée par un photomultiplicateur présent dans le scanner. La résolution est fixée à 10 μm par pixel. L’image TIFF obtenue est traitée afin d’extraire les données spécifiques à chaque spot. Une grille de lecture est appliquée sur l’image pour délimiter les spots grâce à une recherche automatique par le logiciel. Une étape de transformation numérique est ensuite effectuée par le logiciel afin d’obtenir dans un seul fichier .gpr les données relatives à chaque spot.

Les signaux émis par la biopuce sont interprétés par le DendriSoftDiag, logiciel d’Intelligence Artificielle (machine learning) conçu par Dendris, qui s’appuie sur une base de données constamment enrichie par les nouveaux échantillons.

Afin de répondre au mieux à votre demande, nous définissons ensemble le contenu des expériences à réaliser.

A l’issue de notre discussion, nous vous communiquons une proposition commerciale. Toutes les étapes seront discutées ensemble.